Múzeum farmácie je umiestnené v časti priestorov bývalej lekárne U Červeného raka na prízemí neskorobarokového meštianskeho domu vstavaného do barbakanu Michalskej brány s priľahlou priekopou. V priebehu 18. storočí bolo priečelie domu doplnené rokokovým portálom a neskôr klasicisticky upravené. Na prízemí sú umiestnené pôvodné vývesné štíty lekárne z konca 19. storočia, vyrobené významnou bratislavskou kováčskou firmou Márton. Pôvodné zariadenie oficíny je zo začiatku 19. storočia, kedy do priekopy pri objekte pristavali nové laboratórium lekárne.

Lekáreň pod názvom U Červeného raka bola údajne založená už v 14. storočí. Od druhej polovice 18. storočia sa nachádzala na prízemí spomínaného objektu až do jej zrušenia a odovzdania pre múzejné účely v roku 1953. V roku 1960 vtedajšie Mestské múzeum v Bratislave sprístupnilo expozíciu vo všetkých štyroch miestnostiach pôvodnej lekárne. V roku 1980 sa plocha expozície rozšírila o druhé poschodie a prezentovala vývoj farmácie v Bratislave od 14. až do polovice 20. storočia. V septembri 2001 muselo múzeum expozíciu z dôvodu zmeny majiteľa budovy a jej plánovanej rekonštrukcie vysťahovať. Po niekoľkoročnej prestávke sa pristúpilo k úprave časti prízemia pre expozičné účely a v roku 2006 bola sprístupnená nová, značne oklieštená prezentácia pod názvom Nádoby na uchovávanie liečiv.